Científicos de varios campos han dado nombre a varios nuevos descubrimientos en honor de Frank Zappa.
En 1967, el paleontólogo Leo P. Plas Jr. identificó un molusco extinguido en Nevada y lo llamó Amaurotoma zappa.
En los años 80, el biólogo Ed Murdy llamó a un género de peces gobbidae de Nueva Guinea Zappa, con una especie que llamó Zappa confluentus.
El biólogo Ferdinando Boero llamó en 1987 a una medusa de California Phialella zappai, comentando que "era un placer nombrar esta especie así en honor al músico".
Los biólogos belgas Bosmans y Bosselaers descubrieron a principios de los 1980 una araña de Camerún, que nombraron en 1994 Pachygnatha zappa, porque una zona del vientre de la hembra de la especie tenía un gran parecido con el famoso bigote del artista.
Un gen de la bacteria Proteus mirabilis que causa infecciones de orina fue nombrado en 1995 Zappa por unos biólogos de Maryland.
A finales de los años 1990, los paleontólogos americanos Marc Salak y Halard L. Lescinsky descubrieron un fósil que llamaron Spygori zappania en honor a "la época final de Zappa... que tenía paralelismos con los primeros paleontólogos: retar las creencias tradicionalistas cuando tales creencias no tenían raíces en la lógica ni la razón".
En 1994, gracias a los esfuerzos del psiquiatra John Scialli, la Unión Astronómica Internacional llamó a un asteroide en su honor: 3834 Zappafrank. El asteroide fue descubierto en 1980 por el astrónomo Ladislav Brozek, y la cita de su denominación dice: "Zappa era un artista y compositor ecléctico y autodidacta... Antes de 1989 era visto como un símbolo de democracia y libertad de expresión para mucha gente de Checoslovaquia".
En 1995, en Vilnius, la capital de Lituania, se instaló un busto de Zappa hecho por el escultor Konstantinas Bogdanas. Se donó una réplica a la ciudad de Baltimore en 2008.
En 2002, un busto de bronce fue puesto en la ciudad alemana Bad Doberan, que desde 1990 alberga el festival anual de música en honor a Zappa, llamado Zappanale.
Por iniciativa de la comunidad de músicos ORW Ohaus, la ciudad de Berlín dio su nombre a una calle situada en el distrito de Marzahn en 2007.
Ese mismo año, la alcaldesa de Baltimore, Sheila Dixon, proclamó oficialmente el "Día de Frank Zappa" en la ciudad, citando los logros musicales de Zappa y su defensa de la Primera Enmienda a la Constitución de los Estados Unidos.
